跨行存款的手续费计算方式因银行和存款金额的不同而有所差异。一般来说，跨行存款的手续费有以下计算规则：

1. 各大商业银行的同城跨行转账手续费和异地跨行转账手续费不同，一般是按照存款金额的一定比例或者按照笔数进行计算手续费。

2. 如果是通过手机银行跨行存款的话，目前不收取任何手续费。因为跨行存款还处于发展阶段，目前一些银行的手机银行对于异地本行存款是不收费的。如果异地跨行存款，不同银行的手续费计算规则不同，建议查询各大银行官网信息。部分银行收费标准如下：每笔收取千分之一的手续费，最低一元起，最高不超过五十元或一百元封顶。也有银行按存款金额的百分比收取手续费，不同银行具体的收费标准不同。具体的收费标准可能会因银行的调整政策有所变化。请注意查询最新的收费标准或咨询银行工作人员。

具体的跨行存款手续费还需要根据具体的银行和存款金额来计算。建议在进行跨行存款前咨询银行工作人员或查看官方网站上的相关信息，以了解准确的手续费标准。